1949年春，國民黨政權已陷入崩潰前的一片混亂，孫科於3月辭去行政院院長職務后，由廣州移居香港。

　　孫科在香港居留期間，對時局深感“悲觀”，對政治及一切事務均表倦怠。1950年秋，孫科偕夫人赴法國，暫住老友、前駐蘇大使傅秉常在巴黎郊外的別墅，開始了他流亡海外的歲月，是年孫科60歲。

　　1952年，孫科夫婦來到美國，那時無任何固定收入的孫科夫婦與次子治強一家共同生活，依靠子女的小額接濟，省吃儉用，一切自己動手。

　　1965年，孫科已經75歲高齡，在他流亡16年間，蔣介石政權沒有對他表示任何關心和重視。他在美生活有諸多不便，漸生歸台之意。而台灣方面，自60年代初始，孫科的某些故舊也為孫科赴台多方積極活動。

　　1964年由台灣出資，在美組織了“中華文化教育基金會”，並推舉孫科任董事長，孫科前往華盛頓參加年會。從此，孫科與台灣官方機構重新建起了聯系。1965年10月29日，孫科搭機從美返台，在台北鬆山機場受到蔣經國及2000余人的熱誠歡迎，場面之盛大令孫科潸然淚下。

　　孫科抵達台灣次日，在蔣經國的陪同下，前往高雄蔣介石官邸拜謁。自1949年廣州分手，16年后他們在台灣相逢，彼此相見甚歡。蔣介石設午宴招待孫科，還將自己曾住過的陽明山第一賓館交給孫科及其家屬居住，孫科在台一直居住於此。

　　孫科承蒙蔣介石以禮相邀，便積極投桃報李。一周后，台北舉行“華僑救國總會第三次代表大會”，在開幕典禮上，孫科發表了返台后第一次公開演講，明確表示全力擁護蔣介石。