历史造成了两岸各有一个“故宫博物院”。对大陆民众来说，台北的故宫博物院既熟悉又陌生，熟悉源于久闻其名，陌生是因不能亲至
台北故宫位于台北市郊外双溪，采用中国宫廷式的建筑风格（见图）。它落成于1965年11月12日孙中山先生诞辰纪念日，所以还有一个名字，叫做“中山博物院”。它占地1200亩，主要由仿古展馆、行政大楼、山水庭院组成。台北故宫65万件文物源于当年北京故宫和当年南京中央博物院筹备处，后来还有一些接收、捐赠和收购等，主要收藏着宋、元、明、清等历代宫廷的瑰宝，现有器物近7万件，包括铜器、瓷器、玉器、漆器、珐琅器等；书画近1万件，包括书法、绘画、织绣等，图书文献最多，近57万件，包括四库全书等。
这么多中华文化瑰宝是如何到了台湾的呢？1931年，日本侵占东北，觊觎北京。为避免宝物将来落入侵略者之手。1933年起，故宫“文物大迁移”秘密开始，在炮火硝烟下，这些宝物从北京到上海、到南京，后又辗转到四川、贵州，历时十几年，行程数万公里，但是却无一件损坏、无一件丢失，无数的人为之付出了心血。抗战胜利后，这些宝物陆续运到南京。1948年底，人民解放战争胜利在即，这些南迁宝物中的精品又被分三批用船运到了台湾。除了故宫博物院的2972箱文物精品，同时运到台湾的还有当时南京中央博物院筹备处文物852箱及其他单位的文物。1965年11月12日，台北故宫博物院落成，这些文物终于有了一个长久的安身之处。从那时起，海峡两岸就有了“一宫两院”的格局。
许多人都喜欢拿两岸故宫作比较，并得出一个看法，“台北有文物没有故宫，北京有故宫没有文物”。实际上两岸故宫的收藏本来就是一个整体，有很强的互补性，只有从整体上来看待，才能全面地认识中华文化的源远流长和丰富多彩。从这个层面来看，两岸故宫各有千秋，但都不完整。台北故宫博物院65万件藏品堪称中华文化艺术之宝库，北京故宫博物院超过了100万件的珍藏同样无人匹敌。台北故宫的收藏构成与当时人们对文物的认识水平有关，那个时候的学者认为，金石是最重要的，鼎是国家的象征，所以拿走了不少青铜器（2382件）；文人重视书画，书画本身也好运载，能拿的尽可能拿，共拿走了5424件。中国有君子佩玉之说，故玉器也拿走不少。陶瓷只拿走了一部分，计17934件，集中了北京故宫博物院各瓷器陈列室与敬事房的精品，可谓名窑毕备。著名的三希堂帖，北京故宫博物院藏有“三希”中的“二希”，而台北则藏有另外“一希”。郭熙的《早春图》，现存台北，北京没有。北京有《清明上河图》，台北没有。龙袍，中国历代只有清朝留下来的，当时的学者认为清朝的东西价值不大，没有拿，所以台北故宫博物院一件龙袍也没有。而像宗教文物，特别是清朝以后藏传佛教的文物，如唐卡，当时都没有拿走。
台北故宫是台湾的文化重镇，是台湾对外开展文化交流的一个重要媒介，更是台湾民众引以为自豪的文化根本。台湾媒体评论说，很难想象，没有故宫的台湾是个什么样子。但是，因为台北故宫保存的都是中华文物，“台独”分裂分子一直处心积虑地想“去中国化”。陈水扁上台后，一度宣称要将台北故宫博物院改名为“万国博物馆”，增列台湾“本土文物”及“世界文物”，而现有的文物则列为“中国文物”，企图将两岸历史分割开来，自外于中华文化。
对于台北故宫文物的归宿，很多人有看法。台北故宫博物院前院长秦孝仪生前曾向外界表示，台北故宫博物院的文物原本就是从北京故宫博物院运到台湾的，两岸统一后台北故宫博物院应该物归原主，归还至北京故宫博物院，他也希望“一宫国宝分飞两岸”的状况早日结束。著名学者李敖访问大陆时也曾表示：“如果海峡两岸统一，故宫也要统一。”
