菲律宾国家博物馆始建于1901年，最初作为人类学和自然历史博物馆，后来迁入现在的新址，其收藏扩展到艺术和科学领域。现在的博物馆建筑是由美国建筑师伯汉姆?丹尼尔于1918年设计的。它的建筑分为两部分，一部分收藏展示艺术、科学和其他相关种类藏品，另一部分主要收藏人类学和考古学成果。

　　根据菲律宾国家委员会通过的284号法案，国家博物馆成立之初，被命名为人类学、自然历史和商业发展菲律宾岛博物馆，隶属于公共教育部门。1903年该馆更名为民族文化研究局，隶属于内政部。1904年，又重新命名为菲律宾博物馆。1926年，菲律宾立法机构通过3437号法令，这时的博物馆开始包含人类学、历史和美术部分，但自然科学部分还不包含在内。1933年，菲律宾立法机构通过的4007号法案把人类学中的考古学、民族志和物质人类学以及其他科学局的自然历史部门重组到国家博物馆中。

　　该馆下设的艺术部的主要功能涉及收藏、维护和展示菲律宾艺术家作品，包括绘画、雕塑、设计艺术、摄影和其他艺术形式，其主要目的是通过作品展示菲律宾历史上各种艺术形式的发展状况。博物馆也提供评估和鉴定艺术品的服务，由专家所组成的评选小组负责。向其他机构提供技术支持也是该博物馆的功能之一。博物馆还为大学生提供研究菲律宾艺术所需的艺术家简历及作品情况，也向艺术经纪人、收藏家、国内外游客及艺术爱好者提供咨询服务。另外，博物馆每年夏季都面向儿童举办免费培训班，让他们对本国的艺术传统有更深入的了解。 此外，艺术部还负责接受私人和公共部门捐赠的当代绘画作品。艺术部中的研究与展览处负责科学研究、艺术家个人资料和作品更新。

　　菲律宾国家博物馆是菲律宾物质和文化遗产的见证者和守护人。作为最重要的国家文化机构之一，它通过科学、教育和文化活动，肩负着传播国家文化和树立民族自豪感的重任。