1999年,宁明县向原南宁地区行署呈文请示将花山进行申报世界文化遗产,拉开了花山申遗工作的序幕;2003年,自治区将花山岩画作为全区重点申遗项目进行推荐;2004年11月,花山岩画被列入当时由国家建设部审定的《中国申报世界遗产备选清单》;2006年,国家文物局对原有的备选项目进行筛选,重新设置《中国申报世界文化遗产预备名单》(以下简称《预备名单》),花山岩画进入了2007年1月公布的《预备名单》;2010年,根据国家文物局下发的更新《预备名单》通知精神,由崇左市牵头宁明、龙州两县共同申报。2012年11月,花山岩画文化景观再次被列入国家文物局更新后的《预备名单》,申报范围也扩大至江州区和扶绥县的左江流域。
从最初由宁明县单独申遗到现在自治区、崇左市、宁明县、龙州县、江州区和扶绥县三级六方合力共同推进,花山申遗工作已经走过了15年的艰辛历程,从国家部委到地方各级党政领导对花山申遗工作都给予高度重视和大力支持。原外交部长唐家璇、原国务委员陈至立、原自治区党委书记郭声琨、原自治区政府主席马飚等领导先后莅临宁明指导花山岩画的保护和申遗工作。特别是2012年以来,在自治区政府李康副主席的重点关怀下,在自治区文化厅大力支持和具体指导下,花山申遗工作得到了有力推动,并取得明显成效。